黎明叛乱后，夏亚来到地球，遇见了拥有神秘力量的少女拉拉·苏奈。 与此同时，阿姆罗的父亲特姆·雷正在致力于 RX-78 的开发项目。得知吉恩机动战士开发的关键人物米诺夫斯基博士叛逃后，他前往月球。历史上第一场机动战士之战在月球表面的暮光区展开。 接下来是宇宙世纪 0079。距离地球最远的宇宙都市 Side 3 以吉恩公国的名义对地球联邦政府发动了独立战争。 一个充满暴力动乱的时代开始了，人类总人口的一半将被杀死……